|
1. hafta |
Bilimsel Araştırma Mantığı ve Moleküler Biyolojide Deneysel Yaklaşım
İçerik:
• Bilimsel araştırmanın temel basamakları
• Moleküler biyolojide deneysel düşünme biçimi
• Gözlem, problem, araştırma sorusu ve hipotez ilişkisi
• Temel araştırma, translasyonel araştırma ve klinik araştırma ayrımı
• Deneysel çalışmalarda nedensellik, ilişki ve korelasyon kavramları
• Moleküler biyoloji çalışmalarında sık görülen deneysel hatalar
|
|
2. hafta |
Araştırma Sorusu Geliştirme ve Literatür Taraması
İçerik:
• İyi bir araştırma sorusunun özellikleri
• Araştırma boşluğu belirleme
• Literatür tarama stratejileri
• PubMed, Google Scholar, Web of Science, Scopus ve preprint kaynakları
• Anahtar kelime seçimi ve arama stratejileri
• Güncel literatür ile hipotez oluşturma
• Araştırma sorusunu özgün ve test edilebilir hale getirme
|
|
3. hafta |
Hipotez Kurma, Amaç ve Hedeflerin Belirlenmesi
İçerik:
• Hipotez nedir?
• Sıfır hipotezi ve alternatif hipotez
• Ana hipotez ve alt hipotezler
• Genel amaç ve özel hedeflerin yazılması
• Araştırma sorusu, hipotez ve deneysel tasarım uyumu
• Moleküler biyoloji örnekleri üzerinden hipotez geliştirme
• Hipotezin ölçülebilir sonuçlara dönüştürülmesi
|
|
4. hafta |
Değişkenler, Kontroller ve Deney Gruplarının Belirlenmesi
İçerik:
• Bağımlı, bağımsız ve kontrol değişkenleri
• Karıştırıcı değişkenler
• Pozitif kontrol, negatif kontrol ve araç/vehicle kontrolü
• Teknik kontrol ve biyolojik kontrol ayrımı
• Housekeeping gen, loading control ve internal control kullanımı
• Deney gruplarının oluşturulması
• Hücre kültürü, PCR, Western blot, ELISA ve sekanslama çalışmalarında kontrol seçimi
|
|
5. hafta |
Örneklem Seçimi, Deneysel Tekrar ve Güç Analizi Kavramı
İçerik:
• Örneklem seçiminin deneysel güvenilirliğe etkisi
• Biyolojik tekrar ve teknik tekrar farkı
• Randomizasyon ve körleme prensipleri
• Deneysel gruplarda denge ve karşılaştırılabilirlik
• Örneklem büyüklüğü kavramı
• Etki büyüklüğü, varyasyon ve istatistiksel güç
• Moleküler biyoloji deneylerinde düşük örneklem sayısının sonuçlara etkisi
|
|
6. hafta |
Moleküler Biyoloji Deneylerinde Deney Planlama
İçerik:
• Deneysel iş akışı oluşturma
• Zaman çizelgesi ve deney matrisi hazırlama
• Hücre kültürü deneylerinde pasaj, konfluens ve doz-zaman tasarımı
• Gen ekspresyonu analizlerinde deney planı
• Protein analizlerinde örnek hazırlama ve karşılaştırma stratejileri
• Nükleik asit temelli deneylerde kalite kontrol basamakları
• Deney öncesi pilot çalışma planlama
|
|
7. hafta |
Veri Toplama, Veri Düzenleme ve Laboratuvar Kayıtları
İçerik:
• Ham veri, işlenmiş veri ve analiz edilmiş veri ayrımı
• Laboratuvar defteri tutma prensipleri
• Dosya isimlendirme ve veri arşivleme
• Deneysel metadata kavramı
• Excel, GraphPad Prism, R ve temel veri düzenleme yaklaşımları
• Görsel veri, sayısal veri ve sekans verilerinin düzenlenmesi
• Veri kaybı, veri karışması ve kayıt hatalarının önlenmesi
|
|
8. hafta |
Temel İstatistiksel Yaklaşımlar ve Veri Analizi
İçerik:
• Tanımlayıcı istatistikler
• Ortalama, medyan, standart sapma ve standart hata
• Normal dağılım kavramı
• Parametrik ve non-parametrik testlere giriş
• İki grup karşılaştırmaları
• Çoklu grup karşılaştırmaları
• Korelasyon ve regresyon kavramları
• p değeri, güven aralığı ve etki büyüklüğü
• Moleküler biyoloji verilerinde istatistiksel test seçimi
|
|
9. hafta |
Veri Görselleştirme ve Bilimsel Grafik Hazırlama
İçerik:
• Bilimsel grafik türleri
• Bar grafik, scatter plot, box plot, violin plot ve line graph kullanımı
• Hata çubuklarının doğru gösterimi
• Biyolojik tekrarların grafik üzerinde gösterilmesi
• İstatistiksel anlamlılığın görselleştirilmesi
• Mikroskopi, Western blot ve jel görüntülerinin sunumu
• Grafiklerde yanıltıcı gösterimlerden kaçınma
• Yayına uygun figür hazırlama prensipleri
|
|
10. hafta |
Veri Yorumlama ve Biyolojik Anlamlandırma
İçerik:
• İstatistiksel anlamlılık ve biyolojik anlamlılık farkı
• Sonuçların hipotezle ilişkilendirilmesi
• Beklenen ve beklenmeyen sonuçların yorumlanması
• Deneysel hata kaynaklarının değerlendirilmesi
• Alternatif açıklamalar geliştirme
• Negatif sonuçların bilimsel değeri
• Moleküler mekanizma kurma ve model önerme
• Sonuçların literatürle karşılaştırılması
|
|
11. hafta |
Tekrarlanabilirlik, Güvenilirlik ve Veri Bütünlüğü
İçerik:
• Tekrarlanabilirlik ve yeniden üretilebilirlik kavramları
• Deneysel varyasyon kaynakları
• Batch effect ve teknik sapmalar
• Protokol standardizasyonu
• Ham veri saklama ve erişilebilirlik
• Veri manipülasyonu, seçici veri kullanımı ve “cherry-picking”
• Görsel veri bütünlüğü
• Açık bilim, veri paylaşımı ve ön kayıt kavramları
|
|
12. hafta |
Bilimsel Makale Yapısı ve Yazım Süreci
İçerik:
• Bilimsel makalenin temel bölümleri
• Başlık, özet ve anahtar kelimeler
• Giriş bölümünün yazılması
• Materyal ve yöntem bölümünde ayrıntı düzeyi
• Bulgular bölümünde veri sunumu
• Tartışma bölümünde yorumlama ve sınırlılıklar
• Sonuç bölümünün yazılması
• Dergi seçimi ve hedef dergiye göre makale hazırlama
|
|
13. hafta |
Yazarlık Ölçütleri, İntihal, Atıf ve Yayın Etiği
|
|
14. hafta |
Hakemlik Süreci, Makale Revizyonu ve Öğrenci Sunumları
İçerik:
• Hakemlik sürecinin işleyişi
• Editör, hakem ve yazar rolleri
• Hakem yorumlarını değerlendirme
• Revizyon mektubu hazırlama
• Reddedilen makalenin yeniden değerlendirilmesi
• Bilimsel eleştiri kültürü
• Öğrenci proje/makale taslaklarının sunumu
• Ders genel değerlendirmesi
|