|
1. hafta |
Moleküler Tanıya Giriş
İçerik:
• Moleküler tanının tanımı ve tarihsel gelişimi
• Moleküler tanının klinik laboratuvardaki yeri
• Genetik, onkolojik, enfeksiyöz ve farmakogenomik tanıda moleküler yöntemler
• Pre-analitik, analitik ve post-analitik süreçlere genel bakış
• Moleküler tanıda kalite, doğruluk ve klinik fayda kavramları
|
|
2. hafta |
Klinik Örnek Türleri ve Pre-Analitik Süreçler
• Kan, doku, FFPE, sürüntü, BOS, plazma, serum ve idrar örnekleri
• Örnek alma, taşıma ve saklama koşulları
• Örnek stabilitesi
• Pre-analitik hatalar
• Kontaminasyon kaynakları ve önleme stratejileri
• Klinik örnek kabul ve ret kriterleri
|
|
3. hafta |
Nükleik Asit İzolasyonu
İçerik:
• DNA, RNA, cfDNA ve viral nükleik asit izolasyonu
• Manuel ve otomatik izolasyon sistemleri
• Spin kolon, manyetik boncuk ve organik ekstraksiyon yöntemleri
• FFPE örneklerde DNA/RNA izolasyonu
• RNA izolasyonunda RNaz kontrolü
• İzolasyon verimini etkileyen faktörler
|
|
4. hafta |
Nükleik Asit Kalite Kontrolü ve Örnek Hazırlama
İçerik:
• DNA/RNA konsantrasyon ölçümü
• Spektrofotometrik analiz: A260/280 ve A260/230 oranları
• Florometrik ölçüm yöntemleri
• Jel elektroforezi ile kalite değerlendirme
• RIN, DIN ve fragment analizleri
• PCR inhibitörleri
• Internal kontrol ve ekstraksiyon kontrolü kullanımı
|
|
5. hafta |
Konvansiyonel PCR ve PCR Tabanlı Tanı Yaklaşımları
İçerik:
• PCR’ın temel prensibi
• Primer tasarımı
• PCR bileşenleri ve reaksiyon optimizasyonu
• Konvansiyonel PCR
• Nested PCR
• Multiplex PCR
• Allel spesifik PCR
• PCR kontrolleri
• Yanlış pozitif ve yanlış negatif sonuçlar
|
|
6. hafta |
RT-PCR, qPCR ve RT-qPCR
İçerik:
• Reverse transcription prensibi
• qPCR teknolojisinin temelleri
• SYBR Green ve prob temelli qPCR
• Ct/Cq değeri ve amplifikasyon eğrileri
• Melting curve analizi
• Mutlak ve göreceli kantifikasyon
• ΔCt ve ΔΔCt yaklaşımları
• Viral yük, gen ekspresyonu ve patojen tanısında RT-qPCR uygulamaları
|
|
7. hafta |
Dijital PCR ve İleri Kantifikasyon Yaklaşımları
İçerik:
• Dijital PCR prensibi
• Droplet digital PCR ve chip-based digital PCR sistemleri
• Mutlak kantifikasyon
• Düşük frekanslı varyant saptama
• Kopya sayısı değişikliklerinin analizi
• Minimal rezidüel hastalık takibi
• qPCR ve dijital PCR karşılaştırması
• Klinik avantajlar ve sınırlılıklar
|
|
8. hafta |
Sanger Dizileme ve Kromatogram Analizi
İçerik:
• Sanger dizilemenin temel prensibi
• Zincir sonlandırma yöntemi
• Kapiller elektroforez
• Kromatogram okuma
• Heterozigot ve homozigot varyantların tanınması
• Mozaik varyantların değerlendirilmesi
• Sanger dizilemenin klinik kullanım alanları
• Sanger dizileme ile varyant doğrulama
|
|
9. hafta |
Yeni Nesil Dizileme Teknolojilerine Giriş
İçerik:
• NGS teknolojilerinin temel prensipleri
• Amplicon tabanlı dizileme
• Hybrid capture tabanlı dizileme
• Hedef gen paneli
• Klinik ekzom dizileme
• Tüm ekzom dizileme
• Tüm genom dizileme
• Short-read ve long-read sequencing yaklaşımları
• NGS teknolojilerinin avantajları ve sınırlılıkları
|
|
10. hafta |
NGS Kütüphane Hazırlama, Kalite Kontrol ve Dizileme Metrikleri
İçerik:
• NGS kütüphane hazırlama basamakları
• Fragmentasyon
• Adaptör ligasyonu
• İndeksleme ve barkodlama
• Hedef zenginleştirme
• Pooling stratejileri
• Kütüphane kalite kontrolü
• Q-score, read length, depth, coverage ve uniformity kavramları
• Düşük coverage ve teknik limitasyonların yorumlanması
|
|
11. hafta |
NGS Biyoinformatik İş Akışı ve Varyant Analizi
İçerik:
• FASTQ, BAM/CRAM ve VCF dosya formatları
• Kalite kontrol
• Referans genoma hizalama
• Varyant çağırma
• Varyant filtreleme
• Varyant anotasyonu
• SNV, indel, CNV, SV ve füzyon analizleri
• Klinik varyant önceliklendirme
• Veritabanları: ClinVar, OMIM, gnomAD, dbSNP, COSMIC, CIViC, ClinGen
|
|
12. hafta |
Genetik Varyantların Klinik Yorumlanması
İçerik:
• Germline ve somatik varyant ayrımı
• ACMG/AMP varyant sınıflandırma sistemi
• Pathogenic, likely pathogenic, VUS, likely benign ve benign sınıfları
• Popülasyon frekansı
• Fonksiyonel çalışmalar
• Segregasyon analizi
• İn silico tahmin araçları
• HGVS nomenklatürü
• Varyant yorumlamada klinik bağlamın önemi
|
|
13. hafta |
Moleküler Tanı Testlerinde Validasyon ve Kalite Yönetimi
İçerik:
• Analitik validasyon ve klinik validasyon
• Test doğrulama ve test validasyonu farkı
• Duyarlılık, özgüllük, doğruluk ve kesinlik
• Limit of detection
• Lineer aralık
• Tekrarlanabilirlik ve yeniden üretilebilirlik
• Pozitif ve negatif prediktif değer
• Referans materyal kullanımı
• İç kalite kontrol ve dış kalite değerlendirme
• NGS testlerinde pipeline validasyonu
• Moleküler tanı laboratuvarlarında kalite yönetimi
|
|
14. hafta |
Moleküler Raporlama, Etik İlkeler ve Güncel Uygulama Alanları
İçerik:
• Moleküler tanı raporunun temel bölümleri
• Teknik bulgu ve klinik yorum ayrımı
• Test limitasyonlarının raporlanması
• VUS raporlaması
• İkincil ve tesadüfi bulgular
• Aydınlatılmış onam ve genetik danışmanlık
• Veri güvenliği ve etik ilkeler
• Onkoloji, enfeksiyon hastalıkları, farmakogenomik ve liquid biopsy uygulamaları
• Metagenomik NGS, long-read sequencing ve yapay zekâ destekli moleküler tanı yaklaşımları
• Ders genel değerlendirmesi ve öğrenci sunumları
|